O Conselho Gestor do Campus da Capital tem a sua composição e atribuições definidas pelo Regimento Geral da USP, Resolução 5039, de 02 de junho de 2003 e Resolução 5493 de 18 de dezembro de 2008. Delibera sobre as atividades da Prefeitura, sobre o uso das áreas comuns e das áreas não edificadas; aprova regras e procedimentos para disciplinar a mobilidade, o trânsito interno, bem como a realização de eventos oficiais e festas promovidas nos espaços próprios das unidades e órgãos; propõe normas de segurança para o Campus USP da Capital; assim como delibera sobre outros casos no âmbito de sua competência.